世貿組織接受它的最高級部長大會領導，部長大會至少每兩年召開一次。決議經合議（consensus）做出，每一成員享有一票。這保證了世貿組織在不經成員國同意的情況下不能通過任何約束成員國的決議。
在部長大會之下是四個理事會，以及分別負責貿易政策審查和爭議解決的組織。四個理事會中最上層的是一個享有監督之權的總理事會，除了其他的工作以外，總理事會負有執行部長大會決議，通過預算和其他財政事項，在部長大會的兩次會議期間執行部長大會的職能。在總理事會下有三個獨立的理事會，分別負責貨物貿易，服務貿易，及與貿易有關的知識產權問題。四個理事會進一步分為一些負責專門領域的委員會。其他一些組織可能會在總理事會下產生，特別是為了與貿易有關的知識產權問題。
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│ │
│ 部 長 會 議 │
│ │
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│貿易政策│ │ │ │爭端解│ │上訴受理│
│ ├─┤ 總理事會 ├─┤ ├───┤ │
│審查組織│ │ │ │決組織│ │常設組織│
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┌──┴─┐│ ┌───┴┐ ┌─┴──┐┌───┴─┐ ┌──┐
│貿易與環││ │商品貿易│ │服務貿易││與貿易有關│ │爭端│
│ ││ │ │ │ ││知識產權問│ │解決│
│境委員會││ │ 理事會 │ │ 理事會 ││題理事會 │ │小組│
└────┘│ └────┘ └────┘└─────┘ └──┘
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│ 貿易與發展 ││市場開放│ │特定承諾│
│ ││ │ │ │
│ 委員會 ││ 委員會 │ │ 委員會 │
└──────┘└────┘ └────┘
┌──────┐┌─────┐
│ 區域貿易 ││ │
│ ││農業委員會│┌────┐ ┌─────┐
│ 協 定 ││ ││金融服務│ │民用航空器│
└──────┘└─────┘│ │ │ │
┌──────┐┌─────┐│業委員會│ │貿易委員會│
│ 收支平衡 ││食品衛生檢│└────┘ └─────┘
│ ││驗與動植物│ ┌────┐
│ 委員會 ││檢驗措施委│ │政府采購│
└──────┘│員會 │┌────┐ │ │
┌──────┐└─────┘│專業服務│ │ 委員會 │
│預算與財政 │┌─────┐│ │ └────┘
│ ││與貿易有關││工作小組│ ┌────┐
│管理委員會 ││ 投資措施 │└────┘ │國際乳品│
└──────┘│ 委員會 │ │ │
┌─────┐└─────┘ │ 理事會 │
│ 入會工作 │┌─────┐┌─────┐ └────┘
│ ││原產地規則││ＧＡＴＳ規│ ┌────┐
│ 小 組 ││ ││ │ │國際牛肉│
└─────┘│ 委員會 ││則工作小組│ │ │
┌─────┐└─────┘└─────┘ │ 理事會 │
│貿易與投資│┌─────┐ └────┘
│ ││技術性貿易│
│ 工作小組 ││ │
└─────┘│壁壘委員會│
┌─────┐└─────┘
│貿易與競爭│┌─────┐
│政策工作小││補貼及平衡│
│組 ││ │
└─────┘│措施委員會│
┌─────┐└─────┘
│ 政府采購 │┌─────┐
│ ││反 傾 銷│
│透明化工作││ │
└─────┘│ 委員會 │
└─────┘
┌─────┐
│ 關稅估價 │
│ │
│ 委員會 │
└─────┘
┌─────┐
│輸入許可發│
│ │
│ 證委員會 │
└─────┘
┌─────┐
│ 防衛措施 │
│ │
│ 委員會 │
└─────┘
┌─────┐
│ 紡品督導 │
│ │
│ 組 織 │
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┌─────┐
│國營企業貿│
│ │
│易工作小組│
└─────┘
┌─────┐
│裝運前檢驗│
│ │
│ 工作小組 │
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